בספטמבר 1942 גורשו כל החולים למחנה השמדה חלמנו Chelmno וכל בתי החולים בגטו נסגרו.באוקטובר 1942 פרצה מגפת טיפוס המעיים, וכ-5000 איש חלו. בשל החשש מהתפשטות המגיפה אישרו הגרמנים להקים 2 בתי חולים ובהם 450 מיטות: ברח' דבורסקה 74 Dworska, כיום Organizacji WIN ביה"ח למחלות מדבקות. עד ספטמבר 1942 שימש הבניין כבית אבות ממנו גורשו הקשישים בשפארה. בית החולים שימש גם את הילדים הפולנים ששהו במחנה בשולי הגטו.
בית החולים השני הוקם ברח' מיצקביצ'ה Mickewicza , לשעבר רח' טוקרסקה Tokarska .ביה"ח מספר 4. שימש כבית חולים כירורגי.
