
הרב נולד בתשרי תרכ"ט, 1868 בבוברויסק, Bobroisk, Bobruysk, שברוסיה הלבנה. למד בישיבת וולוז'ין. שם הצטרף לאגודה הציונית החשאית "נצח ישראל", והתיידד עם ח"נ ביאליק שעמו קיים חליפת מכתבים הדוקה במשך שנים רבות. התיידד עם הרב שמואל מוהליבר, ובהשפעתו נעשה המזכיר הראשון של תנועת המזרחי שנוסדה באלול תרנ"ג, 1892, בוועידת דרוסגֶניק.

בתחילת המלחמה גורש הרב ניסנבוים עם משפחתו לגטו ווארשה ושם היה מעורב בפעילות ציבורית ענפה ובעשייה דתית וחינוכית. הוא תרם לעמידה היהודית בימי האימה ותמך בפעילות המחתרת היהודית, לא כלוחם, אלא כאיש רוח, מורה דרך לציבור.במהלך השואה , האמונה וקיום המצוות היו צריכים לעבור בחינה מחדש:האם לקדש את השם ולמות כיהודי גאה? או לקדש את החיים ולמצוא כל דרך ותחבולה כדי לדבוק בהם ולהציל את נפשך? משנתו של הרב הייתה ברורה:קידוש החיים קודם. האוייב רוצה לחסל את חיי היהודים, ועלינו החובה למנוע זאת ממנו: מיוחסת לרב ניסנבוים האמירה הבאה: "זו היא שעה של קידוש החיים ולא קידוש השם במוות. לפנים דרשו אויבים את הנשמה והיהודי הקריב את גופו על קידוש השם, עתה הצורר דורש את הגוף היהודי, וחובה על היהודי להגן עליו, לשמור עליו".
קיבוץ בארות יצחק נקרא על-שם הרב יצחק ניסנבוים.